Amikor 1944-ben összegyűjtötték az erdélyi zsidóságot, Márton Áron a Szent Mihály-templomban felállott, s a szószékről olyan beszédet mondott, amelyben élesen és félreérthetetlenül tiltakozott a zsidóság elvitele ellen. Hangsúlyozta, hogy az efféle cselekedet távol áll a keresztény gondolattól, s a magyarság egésze ezt kegyetlenségnek tekinti, s nem lehet, hogy egy lelkileg züllött kisebbség ezt véghez vihesse szemünk láttára, s annak minden ódiumát a magyar nép nyakába varrja. A beszéde igen nagy hatást váltott ki. De ő ennyivel nem érte be, hanem levelet írt a magyar miniszterelnöknek, Sztójay Dömének, amelyben tiltakozott a deportálás ellen, és követelte a miniszterelnöktől, hogy szüntessék be az efféle dolgokat, s ne terheljék a magyar nép számláját effélékkel a nagyvilág előtt.